Följande flöden finns inom e-fakturakonceptet:
- Skicka företagets informationsuppgifter
- Ta emot anmälan
- Skicka e-fakturor
- Presentation av e-fakturan
- Ta emot avanmälan
Flödena finns beskrivna nedan.
Skicka företagets informationsuppgifter
När ett företag/en organisation ansluter sig till e-fakturakonceptet måste företagets/organisationens företagsuppgifter skickas till alla banker där privatpersoner kan anmäla sig till e-faktura. Detta för att privatpersonen i Internetbanken ska kunna se att företaget/organisationen erbjuder e-faktura. Flödet nedan illustrerar detta.

1. Företaget/organisationen skickar in företagsuppgifterna antingen direkt till CTDn eller via en servicebyrå, beroende på vilken teknisk anslutning företaget/organisationen har valt.
2. CTDn validerar företagsuppgifterna och skickar dem vidare till bankerna. Bankerna presenterar informationen i listan över företag som erbjuder e-faktura till privatpersoner i Internetbanken.
3. Återredovisning av uppgifterna skickas tillbaka, så att företaget vet om informationen har distribuerats korrekt.
Detta flöde används även när företaget/organisationen behöver uppdatera sina företagsuppgifter.
Ta emot anmälan
När företagets/organisationens uppgifter presenteras i Internetbanken kan företagets/organisationens kunder anmäla sig att få e-faktura. Flödet nedan illustrerar detta:

1. Privatpersonen väljer att anmäla sig till e-faktura hos företaget/organisationen. Privatpersonen länkas då till en anmälningssida som företaget/organisationen tillhandahåller utanför Internetbanken.
2. Privatpersonen fyller i de uppgifter som företaget/organisationen behöver och anmäler sig till e-faktura. Anmälan skickas då till företaget/organisationen som registrerar att kunden vill ha e-faktura. I det fall privatpersonen redan finns registrerad för e-faktura hos företaget/organisationen skriver denna anmälan över en befintlig anmälan. Ett exempel på när detta skulle kunna inträffa är när en privatperson byter bank och nyanmäler sig i den nya Internetbanken utan att först ha avanmält sig i den gamla Internetbanken. Privatpersoner bör dock alltid uppmanas att först avanmäla sig till e-faktura när de ska byta bank eller avslutar sin Internetbank.
Fakturautställaren bör meddela privatpersonen om anmälan inte har kunnat behandlats.
Skicka e-fakturor
Flödet nedan illustrerar hur e-fakturan skickas från företaget/organisationen:

1. Föreget/organisationen skickar en fil med e-fakturor till en CTD, antingen direkt eller via en servicebyrå.
2. Servicebyrån/CTDn validerar e-fakturorna. Om e-fakturan är korrekt lagras den hos en fakturapresentatör.
3. Betalraden (sammandrag av e-fakturan) skickas vidare till nästa distributionsled. Om fakturamottagarens Internetbank är Nordea eller Swedbank skickas den direkt till banken. Om fakturamottagarens Internetbank är någon av övriga banker skickas den till BGC, för vidare distribution till banken.
4. Återredovisning sker till företaget/organisationen. Återredovisningen sammanfattar vilka e-fakturorna som har distribuerats korrekt och vilka e-fakturor som eventuellt inte har kunnat distribuerats, t.ex. vid valideringsfel.
Presentation av e-fakturan
När privatpersonen loggar in i sin Internetbank informeras denne om att en ny e-faktura har inkommit. Privatpersonen har då möjlighet att titta på fakturan och betala den. Flödet nedan illustrerar detta.

1. Privatpersonen tittar på betalraden i Internetbanken. Denna visar bl.a belopp, förfallodatum och vilket företag som skickat e-fakturan.
2. Privatpersonen väljer att titta på fakturan i sin helhet. Ett nytt fönster öppnas i vilket e-fakturan presenteras.
Ta emot avanmälan
När en kund hos företaget/organisationen inte längre vill ha e-faktura måste kunden göra en avanmälan. Privatpersonen kan då göra det i Internetbanken. Flödet nedan illustrerar detta.

1. Privatpersonen gör en avanmälan till företaget/organisationen i sin Internetbank.
2. Avanmälan skickas direkt till CTDn från Nordeas och Swedbanks Internetbanker. För övriga banker skickas avanmälan via BGC till CTDn.
3. CTDn skickar vidare avanmälan till företaget/organisationen, eventuellt via servicebyrån om företaget/organisationen är ansluten via en sådan. Företaget/organisationen verifierar både personnummer och bankidentitet innan registrering sker att kunden inte längre vill ha e-faktura. Företaget/organisationen skickar en pappersfaktura vid nästa fakturering. Företaget/organisationen måste alltid verifiera banktillhörighet vid avanmälan, d.v.s. att avanmälan kommer från samma bank i vilken anmälan ursprungligen gjorts. Stämmer inte banktillhörigheten vid avanmälan ska avanmälan inte registreras.
Fakturautställaren bör meddela privatpersonen om avanmälan inte har kunnat behandlats.