Inom banksektorn finns alltid mycket högt ställda krav på säkerhet. Filöverföringen till bank är förändringsskyddad och fakturamottagaren hanterar e-fakturan säkert när denne är inloggad i Internetbanken.
För att säkra e-fakturainformationen överförs denna på fasta förbindelser mellan CTD och bank. Informationen mellan CTD och bank är också förändringsskyddad och bankerna rekommenderar fakturautställare att även skydda kommunikationen till CTD. Bankens säkerhetssystem för Internetbank garanterar säkerheten för åtkomst till e-fakturan.